Van middeleeuwse manuscripten, Blaeu-atlassen en handschriften van Hooft en Multatuli tot wandplaten, letterontwerpen, kookboeken, strips en het archief van Arnon Grunberg.
De Bijzondere Collecties omvatten het erfgoed van de Universiteit van Amsterdam. De ruim duizend deelcollecties bestaan uit zeldzame en kostbare boeken, manuscripten, prenten, foto's en nog veel meer. Met internationaal vermaarde verzamelingen op het gebied van boekgeschiedenis, Joodse cultuur, kerkgeschiedenis, cartografie, letterkunde, grafische vormgeving en zoölogie is dit een van de grote erfgoedbibliotheken in Europa.
Het erfgoed in de Bijzondere Collecties vertegenwoordigt vele disciplines in wetenschap en kunst en telt tal van onvervangbare werken met museale kwaliteit, van eeuwenoud tot hedendaags. De verzamelingen staan ten dienste van onderwijs en onderzoek, maar ook van een algemeen publiek. Stukken kunnen geraadpleegd worden in de moderne onderzoekzaal en via online beeldbanken. Ze worden uitgelicht in tentoonstellingen, lezingen en presentaties.
De Bijzondere Collecties bevinden zich aan de Oude Turfmarkt, tegenover de Munttoren. De zoölogische en botanische collecties zijn ondergebracht in de Artis Bibliotheek aan de Plantage Middenlaan.